Cel Programu Inteligentny Rozwój różni się nieco od celu swojego poprzednika - Programu Innowacyjna Gospodarka. W porównaniu do POIG – Program Operacyjny Inteligentny Rozwój zakłada zwiększenie nacisku na współprace pomiędzy dwoma różnymi sektorami, a mianowicie sektorem nauki i sektorem biznesu. Dzięki temu Polska ma stać się bardziej konkurencyjnym państwem.

W nowej Perspektywie Finansowej cel Programu Inteligentny Rozwój rozkłada się na dwa cele z 11 celów tematycznych postawionych Polsce przez Unię w ramach Polityki Spójności. POIR realizował będzie pierwszy i trzeci z nich. Cel pierwszy to wsparcie dla badań naukowych, dbanie o rozwój technologiczny oraz zwiększenie liczby innowacyjnych rozwiązań. Aby to osiągnąć ważne jest zwiększenie nakładów prywatnych na Badania i Rozwój. Natomiast, aby spełnić cel trzeci Polska musi zadbać o większą konkurencyjność MŚP, czyli małych i średnich przedsiębiorstw sektora rolnego, sektora rybołówstwa oraz akwakultury. Cel Programu Inteligentny Rozwój zostanie sfinansowany ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (EFRP).

Główny cel programu inteligentny rozwój to zwiększenie innowacyjności gospodarki w Polsce. Innowacyjność to kluczowa kwestia w zapewnianiu konkurencyjności krajowm produktom na rynku międzynarodowym, a jak dotąd Polska nie wypada najlepiej na tle innych europejskich krajów. W Unijnym Rankingu Innowacyjności (IUS) przeprowadzonym w 2012 roku Polska zajęła 4 miejsce od końca. Należy poprawić ten wynik, a żeby to zrobić ważne jest właściwe zarządzanie środkami z Unii – odpowiedni ich podział i wykorzystanie.