Jednym z sposobów rozdysponowania dofinansowania unijnego jakie pozyskane zostało przez beneficjenta jest wypłacania zaliczek na poczet realizacji całego przedsięwzięcia. W takim przypadku konieczne będzie rozliczanie dotacji unijnych, podmiot gospodarczy, który pozyskał dofinansowanie musi wytłumaczyć się z wszystkich środków jakie zostały rozdysponowane w trakcie realizacji projektu. Instytucje, które zajmują się rozdysponowaniem funduszy unijnych muszą mieć pewność, że środki finansowe zostały wydatkowane zgodnie z ich przeznaczeniem.

Rozliczanie dotacji unijnych to bardzo ważna część całego procesu ubiegania się o dofinansowanie unijne, przedsiębiorca ma do wykonania w związku z tym obowiązkiem kilka czynności. Wszystkie koszty jakie zostaną finansowane z unijnych funduszy muszą zaliczać się do kategorii kosztów kwalifikowanych czyli takich, na które program unijny umożliwia pozyskania dofinansowania.